Den 1 augusti 1890 stod en orgeln klar i Norra Reals aula, då kallad Bönsalen, inför den kommande invigningen av skolan. Orgeln hade byggts av Åkerman & Lund Orgelbyggeri med verkstad inte långt från skolan. Instrumentet byggdes med den senaste amerikanska tekniken, s.k. Roosweltlådor, och var det första sitt slag i Sverige. Fasaden ritades av skolans arkitekt P. E. Werming.Orgeln användes vid de dagliga morgonbönerna under skolterminerna fram till att dessa upphörde under 1960-talet. Därefter förföll orgeln och blev med tiden ospelbar.

NRF tog för ca tio år sedan initiativ till att återställa orgeln i sitt ursprungliga skick. Efter ett par år lyckades man med bidrag från olika fonder och stiftelser samt med generösa bidrag av gamla Norra realare få ihop tillräckliga medel. Orgelbyggare Martin Hausner gavs i uppdrag att renovera orgeln. Riksantikvarieämbetets orgelsakkunnige gav värdefulla anvisningar om arbetet. Åkerman & Lund Orgelbyggeri AB bidrog även på ett mycket positivt sätt.

Orgeln har byggts om två gånger. År 1912 ändrades luftsystemet och en stämma byttes ut för att göra klangen lite kraftigare. För att få orgeln att bättre motsvara det på 1960-talet rådande klangidealet ersatte man den stämman (troligen Gamba 8’) mot en principal 2’.

Orgeln har nu fått samma disposition som i det ursprungliga kontraktet:
Borduna 16’, bas och diskant.
Principal 8’
Flȗte harmonique 8’
Salicional 8’’
Rörflöjt 8’
Oktava 4’

Vid återinvigningen 2008,  spelade diplomorganist Mathias Kjellgren bland annat Oskar Lindbergs ”Norra Reals Hyllningsmarsch” i arrangemang av skolans legendariske musiklärare Erik Erling.

NRF delar årligen ut ett orgelstipendium till en elev som är intresserad av att förkovra sig i orgelspel. Under läsåret 2016/2017 delas dock inget stipendium ut.